从1985年开始，审计机关的工作重点开始由组建机构转到了开展审计监督工作上。1985年末至1986年初召开的全国审计工作会议指出，建立具有中国特色的社会主义审计监督制度，是一个复杂、艰巨的事情，一定要解放思想，精心探索，反复实践。审计工作面临的任务很重，范围很广，要求很高，而审计机关的人员很少，工作经验有限，财经法规又不健全。从实际情况出发，审计署在会上指出，今后一个时期审计机关的工作方针是“抓重点、打基础”，逐步打开局面，走上轨道。

1989年是贯彻党的十三届三中全会精神的第一年。党中央、国务院采取了一系列治理整顿重大措施，大多与加强财政、信贷资金管理有关。1月召开的全国审计工作会议指出，治理经济环境、整顿经济秩序，是今后两年改革和建设的重点，着重要解决加强宏观控制方面的问题。审计监督是保证宏观调控措施落实的一个重要手段，应当在治理整顿中充分发挥作用。会议要求审计机关把财政、信贷资金管理和使用中的严重违纪问题，作为审计监督的重点，促进加强资金的宏观控制和管理。会议对继续加强审计工作的基础建设做出部署，要求认真贯彻执行审计条列，抓好审计队伍建设，健全审计机关领导体制，加强审计理论研究和审计宣传工作。

1989年11月，党的十三届五中全会通过的《中共中央关于进一步治理整顿和深化改革的决定》指出：“大力加强对各项经济活动的审计和监督，严格财经纪律。”为实现治理整顿的任务和目标，我国在1989年治理整顿初见成效的基础上，继续压缩社会总需求，大力调整产业结构，整顿经济秩序，深化和完善改革，提高经济效益。这些措施都涉及对经济活动的调整，与国家资金的分配、管理、使用直接相关。

1991年底，中华人民国和国审计机关成立后制定的第一部审计工作中期发展规划——《审计工作发展纲要（1991~1995年）》颁布实施。纲要认为，审计机关是监督财政财务收支的专门机关，审计监督是宏观调控体系的重要组成部分，与财政机关履行管理职能进行的监督，在层次上有所不同；纲要设想，到2000年建立起与新的经济体制和运行机制相适应的、在宏观调控中发挥监督作用的审计制度；纲要提出，在治理整顿基本结束、国民经济进入正常发展时期、审计工作有了新发展的形势下，“八五”期间实行“加强、改进、发展、提高”的审计工作方针。

1992年，邓小平视察南方的重要谈话发表后，改革开放进程加快。10月，党的十四大提出，进一步改革计划、投资、财政、金融和一些专业部门的管理体制，同时强化审计和经济监督，健全科学的宏观管理体制与方法。审计工作重点转到为宏观管理服务。