皖西学院审计处是负责学校内部审计工作的职能部门，于2001年5月设立。2004年8月，审计处与监察室合并，成立监察审计处，与纪委办合署办公。2016年8月，又单独设置审计处，下设财务审计科和工程审计科，现有专职工作人员4人，其中：具有高级技术职称的1人，中级技术职称的2人，硕士学位的3人，本科学历的1人。

审计处在校长直接领导下，依据国家法律、法规和政策以及单位内部规章制度，对学校和所属二级单位的财务收支及其有关经济活动进行内部审计监督，独立行使内部审计监督权，向校长负责并报告工作，同时接受国家审计机关和上级主管部门内部审计的指导和监督。